Giải bóng đá hạng nhì 2005 gồm 16 đội, trong đó 10 đội hạng Nhì năm 2005 và 6 đội bóng mới gia nhập, được chia làm 2 bảng A-B, mỗi bảng có 8 đội bóng. 8 đội bóng tại mỗi bảng sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn 2 lượt đi và về (sân nhà và sân đối phương) để tính điểm xếp hạng. Hai đội xếp thứ nhất và nhì ở mỗi bảng được quyền thi đấu tại giải hạng Nhất QG 2006. Hai đội xếp thứ nhất tại mỗi bảng sẽ bước vào trận chung kết để xác định đội xếp thứ nhất và nhì chung cuộc của giải hạng Nhì 2005. Hai đội xếp thứ ba ở mỗi bảng sẽ đấu thêm một trận trên sân trung gian (trận Play off) để xác định xuất lên hạng còn lại. Như vậy, tổng số có 5 đội sẽ được quyền thi đấu tại giải hạng Nhất 2006 và không đội nào phải xuống thi đấu tại giải hạng Ba 2006.[2]